无土栽培所用基质的选择,各地可因地制宜,就地取材。基质保水性要好,颗粒愈小,其表面积和孔隙度愈大,保水性也愈好,但应避免过细的材料作基质,否则保水太多易造成缺氧。基质中不能含有有害物质,如有的锯末由于木材长期在海水中保存,含有大量氯化钠,必须经淡水淋浇后才能用。石灰质(石灰岩)的沙和砾含有大量碳酸钙,会造成营养液的pH升高,使铁沉淀,影响植物吸收,所以只有火成岩(火山)砾和沙适于作基质。基质的选择也与无土栽培的类型有关,下方排水的砾系统可采用很粗的材料,而滴灌的砾系统必须用细的材料。
在水培中,植物从营养液中吸取氧,而氧的主要来源是通过营养液由高处自由落下而把氧气带入,为此一天要灌水5-6次,用多孔物质作基质的可减少灌水次数。幼苗期,营养液与种植床间要保持2-3厘米的孔隙,以利幼小根进入营养液。此外有条件的话,应根据不同花卉的不同要求,控制营养液的温度,因根系温度对植物的生长发育所起作用更大。