无土栽培所用基质的选择，各地可因地制宜，就地取材。基质保水性要好，颗粒愈小，其表面积和孔隙度愈大，保水性也愈好，但应避免过细的材料作基质，否则保水太多易造成缺氧。基质中不能含有有害物质，如有的锯末由于木材长期在海水中保存，含有大量氯化钠，必须经淡水淋浇后才能用。石灰质（石灰岩）的沙和砾含有大量碳酸钙，会造成营养液的pH升高，使铁沉淀，影响植物吸收，所以只有火成岩（火山）砾和沙适于作基质。基质的选择也与无土栽培的类型有关，下方排水的砾系统可采用很粗的材料，而滴灌的砾系统必须用细的材料。

　　无土栽培的基质长期使用，特别是连作，会使病菌集聚滋生，故每次种植后应对基质进行消毒处理，以便重新利用。蒸气消毒比较经济，把蒸气管通入栽培床即可进行。锯末培蒸气可达到80厘米的深度，沙与锯末为3：1的混合物床，蒸气能进入10厘米深。药剂消毒，甲醛是一种较好的杀菌剂，1升甲醛（40%浓度）可加水50升，按每平方米20-40升的用量施于基制裁，后用塑料薄膜覆盖24小时，在种植前再使基质风干约2周。漂白粉1%的浓度在砾培中消毒效果也好，将栽培床浸润半小时，以后再用淡水冲洗，以消除氯。

　　营养液的酸碱性（pH）直接影响养分的状态、转化和有效性，也影响植物的生长。生长所要求的pH因种类而异。在管理中，可用测试纸测得pH。如pH偏高时，可加入适量硫酸校正；偏低时，可加入适量氢氧化钠校正。

　　在水培中，植物从营养液中吸取氧，而氧的主要来源是通过营养液由高处自由落下而把氧气带入，为此一天要灌水5-6次，用多孔物质作基质的可减少灌水次数。幼苗期，营养液与种植床间要保持2-3厘米的孔隙，以利幼小根进入营养液。此外有条件的话，应根据不同花卉的不同要求，控制营养液的温度，因根系温度对植物的生长发育所起作用更大。